최근 정부가 추진하려는 제도 축소 시 부작용 고려해야 한다.

한 설문조사에서는 산업기능요원을 활용하는 중소기업의 72.6%가 산업 기능요원의 직무수행 역량에 대해 만족하는 것으로 나타났다. 이 제도가 인력수급에 도움이 된다는 중소기업은 83.5%로 나타났다. 즉, 중소기업의 상당수가 만성적으로 겪는 기술·기능인력 부족 현상을 산업기능요원제도를 통해 어느 정도 해결하고 있다는 것이다. 전문연구요원을 활용하는 중소기업도 85.0%가 전문연구요원의 직무수행 역량에 만족하고 있고, 활용 중소기업의 83.0%가 전문연구요원제도가 기술경쟁력에 도움이 된다고 답했다.

중소기업 취업률이 높은 직업계고 학생과 학부모들 역시 중소기업 취업 활성화 대책으로 '군대 문제 해결'을 요구하고 있다.  정부가 전환·대체복무지원인력을 줄이기 전에 중소기업이 처한 각종 노동현안과 이러한 분위기를 적극 고려해야 한다는 목소리가 높다.  

노민선 중소기업연구원 일자리혁신센터장은 "제도가 폐지되면 중소기업의 인력난을 더욱 심화시킬 수 있다"며 "고등학교 졸업 후 취업을 유인하는 선취업·후진학 정책의 기본 골격이 흔들릴 가능성이 높다"고 지적했다.